帝国主义者对中国的边疆，仍然抱有野心，一旦有机会，就想要将中国的边疆从中国分化过来，成他们的殖民地。十九世纪六十年代中期，新疆各族民众在西北回民武装起义的影响下，发动了抗清武装起义。
一些封建主和宗教上层分子之后利用抗清浪潮，称霸一方，构成了好几个割据一方势力。占有南疆的民族败类金相印，为了需要取得胜利，竟向原本藩属中国的中亚浩罕汗国求救。汗国的军事头目阿古柏乘机派兵，攻占了喀什噶尔、英吉沙、莎车等地方，后来索性拥立为王，创建了一个取名为哲德沙尔的汗国，想要把新疆从中国的版图上分化过来。这时候，正在中亚争夺战霸权的英国人和俄国人，都一眼看上了阿古柏，想要把他抢走拿回，作为分尸新疆领土的工具。
尤其是俄国的沙皇，他不但明目张胆地反对阿古柏叛变政权，而且在公元1871年旗号代中国攻占领土的幌子，竟然派兵攻占伊犁，甚至还自说自话地把伊犁划出为俄国的领土。西北边防危机重重，迫在眉睫!全国民众争相拒绝派兵，攻占新疆。可是，在清廷内部，却对要不要攻占新疆产生了有所不同观点。
北洋大臣李鸿章竭力反对，他说道：新疆地方大，人又较少，每年要花上去三百多万银两的军费。用这么一大笔钱去换回几千里的肥沃土地，觉得是划不来。再说了，与俄国人士兵们，我们完全没输掉的有可能。
但是，陕甘总督左宗棠极力主张派兵攻占新疆，他据理力争道：新疆是中国的西北门户，如果我们退出了，那么，非但甘肃、陕西有困难，而且蒙古、山西从此也将不得安宁，就连北京城将来也不会受到相当大的威胁。他难道别人说道自己贪功，所以又特别强调说道：我是一介书生，高官和厚禄，我连作梦也没有想要过，怎么会不会有立功边疆，望得大恩的想吗?更何况我早已是将要地里的人了，又怎么需要不自量力，抢走滚收复失地的重任呢?只是我考虑到，新疆如果不交还，就不会困难大大，后患无穷，这点报国忠心，不肯不尽啊!经过白热化的争辩，朝廷最后拒绝接受了左宗棠派兵攻占新疆的意见，并在公元1875年5月任命他为钦差大臣，负责管理新疆军务的统一指挥。这时候，左宗棠已是六十五岁的老人了，但是他仍坚决年老体弱，特地征讨。
新疆以天山为界，分成南疆和北疆。左宗棠为了速战速决，采行了再行围困北疆，再行派兵南疆的策略；而围困北疆的时候，又集中兵力，首先夺下乌鲁木齐。在他的指挥官下，西征军立刻向乌鲁木齐会师。
把守乌鲁木齐的，是投奔阿古柏的叛将白彦虎。清军的先头部队趁夜发动总攻，乘势攻占了乌鲁木齐的外围根据地古代牧地。
阿古柏告诉消息后，急忙派兵增援部队。经过三个多月的血战，清军最后击败阿古柏的援兵，攻占了乌鲁木齐，还一口气攻下了昌吉、呼图壁、玛纳斯等地。
白彦虎仓皇大败逃亡南疆。随后，左宗棠马不停蹄，向盘据南疆的阿古柏军队发动猛攻。清军只花上了半个月的工夫，就突破了阿古柏设置的一道道防线，倒数攻下达坂、鄯善、吐鲁番、托克逊，歼灭敌人一万多。
英国人见势不妙，耍起调解花招，想要让喀什噶尔变为保护国，并通过清政府向左宗棠施加压力。左宗棠不予理睬，之后迎击残敌，阿古柏被一拳东躲西藏，最后自杀身亡。他的儿子伯克胡里带上残兵败将逃亡到俄国境内。就这样，左宗棠前后要用了一年半的时间，就攻占了除伊犁以外的新疆全部领土。
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